苏有朋毕业于台湾大学机械工程系。以下是相关信息的综合说明：

毕业院校

苏有朋1991年以优异成绩考入台湾大学（台湾排名第一的大学）机械工程系。

学习背景

- 他在台湾大学期间，曾以全校第一的成绩进入台北市立建国高级中学（台大排名第一的高中）。

- 尽管大学期间转向艺术领域发展，但其学术基础仍为日后的多领域成就奠定基础。

其他争议信息说明

- 部分资料提到他毕业于工商管理专业或休学，但高权威资料显示其本科专业为机械工程。 - 早期网络信息中提到的“台湾大学工商管理专业”可能源于信息混淆或误传。

综上，苏有朋的本科毕业院校为台湾大学机械工程系。