留学中介的纳税方式主要包括以下几个方面：

营业税

留学中介作为服务业中的代理业，应缴纳营业税。营业税的税率为收入总额的5%。此外，还需缴纳城建税和教育费附加，具体比例根据地区不同分别为7%、5%和3%。

增值税

从2016年5月1日起，营业税改征为增值税。留学中介作为一般纳税人，适用的增值税税率为6%。小规模纳税人适用的增值税税率为3%。增值税按照销售额与税率计算。

企业所得税

按照利润总额的25%交企业所得税，并进行汇算清缴。企业所得税的缴纳需要提供相关财务报表和业务合同等证明材料。

其他税费

中介公司还需按规定缴纳其他相关税费，如房产税、印花税等。

建议

留学中介应明确自身的纳税人身份（一般纳税人或小规模纳税人），以便准确计算和申报各项税费。同时，建议咨询当地税务部门，了解最新的税收政策和优惠措施，确保合法合规经营。